Federalno ministarstvo poljoprivrede, vodoprivrede i šumarstva vrši upravne, stručne i druge poslove iz nadležnosti Federacije Bosne i Hercegovine koji se odnose na: zaštitu i korištenje poljoprivrednoga zemljišta; zaštitu poljoprivrednoga bilja i proizvoda od uzročnika bolesti, štetočina i korova; proizvodnju i promet sjemena i sadnoga materijala, proizvodnju i unapređenje stočarstva; zdravstvenu zaštitu životinja; prehrambenu industriju; kontrolu zdravstvene ispravnosti sirovog mesa, ribe, mlijeka, jaja, te stočne hrane, unapređenja proizvodnje u šumarstvu, uzgoj, zaštitu, uređivanje i unapređivanje šuma, stanje drvnoga fonda, eksploataciju šuma; pošumljavanje degradiranih i izdanačkih šuma, goleti i krša; lovstvo i lovnu prirodu; vodne izvore, planove, osnovne i bilance voda; zahvaćanje i korištenje voda; osiguranje voda za potrebe vodoopskrbe stanovništva i industrije i druge poslove utvrđene zakonom.